Przedmiotem działania Instytutu jest prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w dziedzinie pozostałych nauk przyrodniczych i technicznych (PKD 72.19.Z) oraz przystosowywanie wyników tych prac do zastosowania w praktyce.  

Profil naukowy ERCE PAN ukierunkowany jest na promowanie wysoko zaawansowanych badań ekohydrologicznych, systemów monitoringu i modelowania, przekazywanie wiedzy oraz jej wdrażanie w dążeniu do osiągnięcia dobrego stanu ekologicznego wód w oparciu o Ramową Dyrektywę Wodną Parlamentu Europejskiego i Rady (2000/60/EC) oraz innych przepisów prawa UE dotyczących środowiska.